El siguiente certamen del Clausura 2006 con José Guadalupe Cruz de técnico termina con 30 puntos y el quinto lugar general, para enfrentar a Cruz Azul Oaxaca en cuartos de final, camiseta inglaterra quedan eliminados luego de empatar el marcador global 3-3 por la ubicación general la cual le dio el pase a los azules. Durante el Apertura 2005 el equipo es dirigido por el veterano entrenador Agustín Santillán, como incorporaciones llegaron el portero argentino Pablo Furtivo, Tomas Banda, Jorge Collazo y Roberto Nurse, León obtiene 25 puntos en el lugar 2 del grupo 2 pero en undécimo lugar debe enfrentar la reclasificación contra Indios de Ciudad Juárez al que eliminan ganado el primero 1-0 y empatando de visitante 3-3 el de vuelta, así califica a liguilla para eliminar en cuartos a Correcaminos con un 4-1 global, en semifinal se consuma un nuevo fracaso al caer contra Cruz Azul Oaxaca 3-2 el global.
